反相层析（RPC）填料以C4、C8或C18烷基键合硅胶为基质，通过疏水性差异分离蛋白，提供所有层析模式中比较高的分辨率。丁基硅胶（C4）适蛋白分离，孔径通常300Å以避免空间位阻。Sepax Proteomix和Waters XBridge是高性能，可耐受宽pH范围（2-10）。RPC的优势在于质级纯度制备，能分离差一个氨基酸的异构体，分析级柱效可达100,000理论塔板数。但有机溶剂（乙腈、异丙醇）易导致蛋白变性失活，且上样量低。主要应用于肽段、胰岛素等稳定小蛋白的精纯，以及抗体药物偶联物（ADC）的DAR值分析控制。在生物制药中多用于分析而非制备，是质量控制的关键技术。高通量筛选平台借助96孔板式填料快速优化纯化条件。磁珠型分离介质
疏水作用填料是利用蛋白分子表面疏水区与填料表面疏水基团之间的疏水相互作用实现分离的介质。这类填料的基质表面修饰有不同链长的疏水基团（如甲基、乙基、丁基、苯基等），疏水基团链越长，疏水性越强，与蛋白的结合能力也越强。分离过程中，通常在高离子强度缓冲液中进行上样，高盐浓度可增强蛋白疏水区的暴露，促进其与填料疏水基团的结合；后续通过梯度降低缓冲液离子强度，减弱疏水相互作用，使不同疏水性的蛋白按疏水性从弱到强的顺序依次洗脱。疏水作用填料适用于疏水性差异较大的蛋白分离，尤其适合蛋白的初步纯化和中间纯化步骤，可有效去除亲水性杂质，且操作条件温和，对蛋白活性影响较小。江夏区分离介质推荐在线监测UV和电导有助于实时优化填料上的洗脱过程。
羟基磷灰石（CHT）是一种独特的混合模式填料，晶体结构中的钙离子和磷酸根可同时与蛋白的羧基和氨基产生静电及配位作用，提供不同于传统离子交换的选择性。Bio-Rad的CHT陶瓷填料分为I型和II型，孔径40-80 μm，耐压性能优异。其分离机制复杂，兼具阳离子交换和金属亲和特性，特别适合分离等电点相近的蛋白变体。优势包括：可区分磷酸化/去磷酸化蛋白，去除DNA和内能力强，清洗再生简单。缺点是载量相对较低（10-20 mg/mL），平衡时间较长。在单抗电荷异构体分离、疫苗抗原纯化及基因载体纯化中表现独特，是精纯阶段的有力补充。
除了经典的His-Tag/IMAC系统，现代dai生物技术开发了多种亲和标签及其对应的专zhuan用填料，以提高纯化的特异性和灵活性。例如，GST标签可通过谷胱甘肽琼脂糖填料进行纯化；MBP标签通过直链淀粉填料纯化；Strep-tag II通过与链霉亲和素填料的高亲和力、可逆结合进行纯化。这些系统各有优劣：GST和MBP标签能增加可溶性，但去除标签可能需要酶切；Strep-tag系统纯度高、条件温和，但成本较高。标签的选择需综合考虑表达水平、可溶性、纯化难度以及后续是否需要切除等因素。实验室规模纯化常用重力流柱，简便但分离时间较长。
以聚甲基丙烯酸酯或聚苯乙烯为骨架的离子交换填料，因其的机械强度和化学稳定性，成为工业级蛋白纯化的主流选择。这类填料可耐受极端pH和强清洗剂，支持在线清洁（CIP）工艺。Q、DEAE为阴离子交换配基，SP、CM为阳离子交换配基，通过电荷差异实现蛋白分离。Toyopearl和Source系列前列水平，提供30-100 μm的均一粒径，柱效高达数千理论塔板数。其优势在于高载量（可达80 mg/mL以上）、快速动力学和优异的放大一致性。缺点是疏水性较强，可能导致部分蛋白失活。适用于单克隆抗体捕获、重组蛋白精纯及病毒颗粒分离，在cGMP生产中市场份额持续增长。梯度洗脱或阶跃洗脱用于从离子交换填料上分离不同蛋白。磁珠型分离介质
肽标签如FLAG、Strep可利用相应亲和填料进行温和纯化。磁珠型分离介质
填料的孔结构直接影响其结合载量。比表面积大的多孔结构能为配基的键合和蛋白的吸附提供更多位点。孔径大小决定了蛋白分子是否能顺利扩散进入孔内到达结合位点。对于大分子蛋白（如单克隆抗体），需要超大孔径（如>100nm）的填料以确保内部位点的可及性，避免表面吸附而导致的动态载量损失。现代填料设计注重孔结构的优化，力求在保证高比表面积的同时，提供通畅的传质通道，以实现高载量和高流速下的高效利用。配基在填料表面的密度（偶联量）是影响载量和选择性的重要因素。密度过低则载量不足；密度过高可能导致空间位阻，反而降低有效载量，或因多价结合而过强吸附，洗脱困难。配基与基质的偶联化学必须稳定，能耐受纯化、在位清洗和长期储存的条件。常用的活化方法包括溴化氰法、环氧法、NHS酯法等，它们与配基上的氨基、巯基或羟基反应形成共价键。先进的偶联技术能够实现配基的定向固定，以优化其空间取向和生物活性。磁珠型分离介质
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