在获得澄清的细胞提取液后，第一步纯化（常称为粗提或富集）常采用沉淀法。其原理是通过改变溶液条件，大幅降低目标蛋白（或杂蛋白）的溶解度，使其选择性沉淀，从而实现与大量杂质的快速分离。经典的方法是硫酸铵沉淀，通过加入高浓度的硫酸铵，与水分子竞争蛋白质表面的水合层，暴露出疏水区域，导致蛋白质因疏水相互作用而聚集沉淀。不同蛋白质在不同浓度的硫酸铵下开始沉淀，通过控制饱和度可以粗略地分级沉淀蛋白质。其他沉淀方法包括使用有机溶剂（如乙醇）或改变pH至目标蛋白的等电点。沉淀法的优势在于处理量大、快速、成本低，能明显浓缩样品并去除大量杂质，非常适合作为层析前的初始步骤。实验设计中的误差可能导致蛋白分离纯化的失败。安徽抗体蛋白分离纯化
FPLC和HPLC都是采用泵系统来精确控制流动相输送的层析技术，区别于依靠重力流动的传统柱层析。FPLC系统专为生物大分子（如蛋白质、核酸）设计，使用生物相容性的材料（如PEEK）流路，以中低压（通常<5 MPa）运行，采用温和的琼脂糖或聚合物基质树脂，旨在保持蛋白质的活性。它非常适合用于IEX， SEC， HIC和亲和层析的精确分析和制备。HPLC则通常在更高的压力下运行（10-40 MPa），使用刚性更强的硅胶基质小颗粒填料，提供极高的分辨率。反相层析（RPC）和离子交换层析（IEX）的HPLC形式常用于分析和小量制备，但HPLC的激烈条件可能使某些蛋白质变性。选择FPLC还是HPLC取决于对分辨率、速度和蛋白质活性保持的综合需求。洪山区蛋白分离纯化操作细节离子交换色谱可根据蛋白表面的电荷差异分离蛋白。
虽然SPR本身不是一种纯化技术，但它在纯化工艺开发，特别是亲和层析的开发和优化中扮演着关键角色。SPR能够实时、无标记地测量生物分子间（如抗原-抗体、受体-配体）的相互作用动力学，即结合速率常数（ka）和解离速率常数（kd），并由此计算亲和力（KD）。在开发免疫亲和层析或其它基于生物特异性相互作用的纯化方法时，SPR可以用于筛选高亲和力的抗体或配体，并优化洗脱条件（如确定能有效解离复合物的pH或竞争剂浓度），从而指导高效亲和纯化策略的设计。
样本预处理是蛋白分离纯化的首要步骤，直接影响后续纯化效果。对于固体生物样本如动植物组织，需先通过机械破碎（匀浆、研磨）或酶解（胰蛋白酶、溶菌酶）方式破坏细胞壁与细胞膜，释放胞内蛋白。液体样本如发酵液则需进行离心或过滤处理，去除细胞碎片、沉淀等固体杂质。预处理阶段还需加入蛋白酶抑制剂（如PMSF、EDTA）防止目标蛋白降解，加入抗氧化剂（如DTT、β-巯基乙醇）维持蛋白活性构象，同时控制pH值与温度在适宜范围，避免蛋白变性。高级蛋白分离纯化技术可实现单分子水平的分离。
冷冻电镜技术，特别是单颗粒分析，对蛋白质样品的单分散性要求极高。样品中必须尽可能避免聚集体、降解产物或构象不均一的存在，否则会严重影响二维分类和三维重构的分辨率。因此，用于冷冻电镜的蛋白质通常需要经过极其精细的纯化（如多次凝胶过滤）和严格的DLS、负染电镜筛选。对于疗愈用蛋白质（尤其是哺乳细胞系统表达的），下游纯化工艺必须具备验证过的病毒清理/灭活能力，这是药品监管的强制要求。特定的纯化步骤，如低pH孵育、去垢剂处理、纳米过滤以及某些层析步骤（如阴离子交换），被证实能有效灭活或去除可能潜在的病毒污染物，确保产品的生物安全性。大规模生产中，蛋白纯化需要兼顾效率和成本。福建酶蛋白分离纯化
蛋白分离纯化需要避免目标蛋白的过度变性和降解。安徽抗体蛋白分离纯化
细胞破碎后，混合物中包含可溶性蛋白质、核酸、细胞器碎片及完整的细胞壁等不溶物。离心是分离这些组分较常用且高效的方法。通过施加强大的离心力，密度较大的颗粒（如细胞碎片、细胞核）会快速沉降形成沉淀，而可溶性蛋白质则保留在上清液中。差速离心通过一系列递增的离心力，可初步分离不同大小的细胞器。而密度梯度离心则能提供更高分辨率的分离开。此步骤的参数（转速、时间、温度）优化对于比较大化目标蛋白回收率和去除杂质至关重要。安徽抗体蛋白分离纯化
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