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加入氯仿后离心，样品分成水样层和有机层。RNA存在于水样层中。收集上面的的水样层后，RNA可以通过异丙醇沉淀来还原。在除去水样层后，样品中的DNA和蛋白也能相继以沉淀的方式还原。乙醇沉淀能析出中间层的DNA，在有机层中加入异丙醇能沉淀出蛋白。共纯化DNA对于样品间标准化RNA的产量十分有用。改进的异硫氰酸胍/酚一步法裂解细胞和灭活RNA酶，然后总RNA在高离序盐状态下选择性吸附于离心柱内硅基质膜，再通过一系列快速的漂洗－离心的步骤,去蛋白液和漂洗液将细胞代谢物、蛋白等杂质去除，低盐的RNasefreewater将纯净RNA从硅基质膜上洗脱。

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