有机肥料中的腐殖质含有脂、蜡和树脂，由于在具有较高肥力的土壤成土过程中，这些物质能浸润土壤团块，使其具有疏水性，减弱土壤浸湿过程和毛管水的移动速度，使土壤水分的蒸发量减少和土壤持水能力增强，因而改善了土壤水分状况。
研究腐殖质亲水性和疏水性的结果表明，它们是由胡敏酸分子边缘上侧链决定的，当胡敏酸分子的聚合度较小时，其侧链基团的量露程度较大，它们之间存在着反比关系，腐殖质物质与水分子的关系，在一定程度上决定着有机物质的水分性质。
团粒结构与土壤有机质含量和施用的有机肥料数量有关，水稳性团粒结构能保证土壤表层的疏松性，利于土壤透水。这种结构的特点是团聚体疏松，非毛管孔隙度大，因而能减低土壤中水分毛管运动的高度和速度，减少土壤表面水分蒸发。团粒性结构较好的土壤颗粒结构半径较其差的土壤颗粒结构半径为大，而毛管水上升运动速度与结构单位的半径成反比。
在施用有机肥料的位置，土壤通气性变好。山东有机肥厂
目前我国很大部分的农用耕地土壤中的有机质含量已低于警戒线，土地大面积出现严重板结，土壤肥力已亮红灯。为此普遍高度重视，在今年的普遍一号文件中再次明确提出：“科学施用 化肥，引导增施有机肥，齐全提升地力”。有机肥料是农业生产中的重要肥源，对发展有机农业、绿色农业和无害农业有着重要意义。但是有机肥料由于原料种类很多、性质差异较大，功能不一，因此施用有机肥料要讲究科学，切忌盲目施用。有机肥具有吸热、增温功能，有利于果树根系萌芽和生长。广西有机肥工艺既解决了污染问题，又解决了农业的效益问题。
有机肥具有吸热、增温功能，有利于果树根系萌芽和生长。有机肥在分解的过程中会释放出一定的热量，提高土壤的温度，同时，有机肥热容量较大，保温性能好，不易受外界冷热变化的影响，冬天防冻，夏天防暑，这对于果树根系萌芽、生长和越冬非常有利。土壤有机质是泛指土壤中来源于生命的物质。土壤有机质是土壤固相部分的重要组成成分，是植物营养的主要来源之一，能促进植物的生长发育，改善土壤的物理性质，促进微生物和土壤生物的活动，促进土壤中营养元素的分解，提高土壤的保肥性和缓冲性的作用。
有机肥含有大量的有机质，具有明显的改土培肥的作用。有机肥含有多种养分，肥效持久，肥料中没有任何化学合成物质，长期施用可以改善农产品品质。
有机肥经过充分腐熟处理，施用后可提高作物的抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药的使用量。有机肥料中含有大量的有益微生物，可以促进土壤中的生物转化过程，有利于土壤肥力的不断提高。有机肥合理施用
有机肥一般作基肥施用，也可作追肥。作基肥时先撒施，然后结合翻地深施均匀。
还有就是壅根，蔬菜种植中将腐熟的有机肥壅在作物根部，可以起到促根壮秧的效果。
有机肥在蔬菜种植中另一种施用方式是条施，即作物生长期作追肥，在作物行矩中间开一道沟，条施有机肥。同时顺沟灌水，然后土壤填沟。条施有机肥作追肥对作物生长期营养输送有特别好的效果。
使用有机肥要完全腐熟。完全腐熟的有机肥不产生有害气体、不烧根、无杂菌、分解快，利于作物根系的吸收。
有机肥需开沟施入，且要充分和土壤进行接触，不然没有改土作用，还易流失。
有机肥的施用位置要靠近吸收根，即树冠**垂直投影处，并适度深施，引根下扎，太近大根不仅不利吸收，还易烧根。
施用有机肥时应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求与土壤营养的补充。
有些菜农对有机肥的认识不足，认为没有化肥见效快，另外有机肥要配合使用化肥还嫌麻烦。辽宁有机肥菌
在大化肥承担了作物主要营养功能的当下，增施有机肥主要是利用其对作物的生理调节功能。山东有机肥厂
有机肥一般是开沟下的，若开沟位置过于靠近主干，恐挖伤粗根，而这类根不像吸收根那么更迭较快，恢复起来需要较长的时间，果树可能因树势急剧衰退而亡；除去直接挖断粗根，开沟后未及时覆盖，使根系长时间暴露在外，同样会对树体不利。有机肥过量使用可能会导致烧根、土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水等，**终引起死树。施用有机肥时应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求与土壤营养的补充。山东有机肥厂
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