化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅只需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。河南生物菌肥
使用生物菌肥的注意事项：一、避免光照直射。光照直射的情况下，一些菌都会杀死。二、蘸根的时候要有一定的量。蘸根时候有一定的浓度，如果稀释的很稀了，蘸上效果也不好。三、不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，也会把它杀死，效果不好了，施了生物菌肥，熏地熏蒸或者高温消毒，都会对菌有危害，使用不当也会造成，生物菌肥的效果不好，施到地里以后，PH值也是有关系的，土壤中PH值，如果酸性土壤施上效果不好，大部分菌施上都不好，如果是稍碱性的土壤施比较好，所以比较好调节一下，土壤中的PH值，多使用点石灰草木灰四、使用生物菌肥一定要投入有机肥。如果没有有机肥纯使用生物菌效果也不好，生物菌需要一定的，有机质进行分解，进行繁殖，生物菌有粮食，它吃饭才进行繁殖，多施点有机肥才能繁殖，长得比较好。云南芒果生物菌肥电话土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质。
种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。避免光照直射。光照直射的情况下，一些菌都会杀死。
生物菌与保存有关系，在流通过程中，生产出来的过程中，有存放也有要求。一般生物菌的存放温度，在4℃-10℃，在通风避光的情况下，一般在两年之内就可以，超过时间比较长的话，里面的生物菌会死的很多，消失的很多。所以说有些人为什么使用不好，他买了些过期的，质量不过关的买了这样的施肥效果就不好了。三、使用方法不当的情况下也可能造成效果不好，使用一般是底施、沟施、穴施，还有些蘸根的、灌根的，还有些拌苗床土的，还有些拌土用在盆里的，也有冲施的，有时选用不当的情况下，也可能造成效果不会很好。微生物被残留的除草剂物质杀害，土壤中没有足够微生物使菌肥发酵繁衍而形成有效的菌群，阻碍了肥效的发挥。
生物肥对于果树主要有5大作用：一、改变根量，由细菌产生的IAA、GA、CTK使植物次生根增殖，增加有效根量。二、软化细胞壁，细菌产生的半聚糖醛酸转化酶（PATA）可软化根系细胞壁，从而促进营养吸收。三、产生转铁产物，细菌产生的转铁产物可聚合或螯合土壤铁，使之成为对果树更有效的物质。四、增加磷的有效性，细菌分泌出增加石灰性土壤中磷有效性的酸性物和螯合物。五、阻止病害，细菌改变根际环境，从而***根系病原体的竞争力。但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。葡萄生物菌肥出厂价
造粒后再加菌、加菌后不经过高温进行物理造粒，是可行的、成熟的工艺，不存在颗粒状微生物菌剂是假的。河南生物菌肥
适量施用。土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。河南生物菌肥
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