基本原则：一般不能与杀虫剂、杀菌剂混用，这样容易杀***肥中的微生物。不能长期暴露于阳光照射下，太阳光中的紫外线会杀***肥中的微生物。在施用前不宜久放，比较好随购随用。菌肥应存放在阴凉干燥处，避免温度湿度过高过低及阳光暴晒。
施用温度：合理施用菌肥的比较好温度为22~35℃，低于5℃或高于40℃施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
施用地块：对于含硫高的土壤和锈水田不宜施用生物菌肥；对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。生物有机菌肥采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。
施用时期：生物菌肥不是***肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前1周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，且施用量不能过大。
混合施用：前面提到过，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如***钾等)以及草木灰混合施用，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌与已拌好杀菌剂的种子混合使用。还要防止与未腐熟的农家肥混合施用。 与化学肥料、有机肥料一样，是农业生产中施用的肥料产品的一部分。官方生物菌肥阶格
有机肥与生物菌肥的区别
①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。
②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。
③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。 多功能生物菌肥销售厂误区：靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥。
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。
更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
生物菌肥的概念：生物菌肥内含有特定的***微生物，通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长***并***有害微生物的形成。其作用机理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的营养元素，改善植物对营养的吸收，使叶绿素含量增加，减少呼吸作用；微生物在正常的生长中释放***，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，**终使产量提高；还可以增强植物抗逆***虫害发生，降低产量损失。生物菌肥是不可多得的好肥料。土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。
微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌固然是成本的首要因素，否则就不是菌肥了。但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。
定义不同，意义就不同，随意抓片树叶就含菌几万，不能说这含菌的树叶就值多少钱。各种定义的菌差异很大，确切的概念应该是有效功能菌；不同的菌种，功能、效果不同，成本也会有很大差异。
千万不要被标示的5亿，10亿，甚至15亿的菌含量所蒙蔽，国家标准：微生物菌剂产品颗粒的是≥1亿，液体是≥2亿。生物有机肥是≥0.2亿，是国家相关**经过多年的理论和实践制定的。看到动辄标示的10亿、15亿菌含量的微生物菌肥一定要注意。 大量微生物菌群能活化土壤，增加土壤肥力、促进土壤形成良好的团粒结构，增加土壤的通透性。济南口碑好生物菌肥
生物菌肥不是***肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果比较好。官方生物菌肥阶格
在国家颁布的微生物肥料执行标准中，都允许生产颗粒性微生物肥料。
《生物有机肥》执行标准中规定：粉剂产品应松散、无恶臭味；颗粒产品应无明显机械杂质、大小均匀、无***味。
《复合微生物肥料》执行标准中规定：产品按剂型分为液体、粉剂、颗粒型。粉剂产品应松散；颗粒产品应无明显机械杂质、大小均匀、具有吸水性；
《农用微生物菌剂》执行标准中规定：产品按剂型可分为液体、粉剂、颗粒型。由以上国家规定来看，说粉剂微生物肥料是真，颗粒微生物肥料是假，纯属子虚乌有。 官方生物菌肥阶格
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