生物菌肥主要作用：
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物菌肥使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮细菌的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物抗病(虫)能力：生物菌肥中的微生物在土壤中能分泌***、杀虫剂及植物生长***。***及杀虫剂能杀灭植物病害及害虫的虫卵，植物生长***促进叶绿素含量升高，提高植物光合作用的能力。
5、增强植物的抗逆能力：有些生物菌肥施用后，在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长过程的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。
6、提高作物品质：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。四川口碑好生物菌肥阶格
另外，相对于孢子来说，活菌的门槛是比较低的，它的生产工艺要求也没有那么高。因为孢子的休眠状态是在包装之前就发生了的，这一工艺在国内还存在着非常大的技术壁垒，目前并没有多少厂家能真正在包装之前使活菌进入休眠状态。
所以大部分生物菌的活菌在包装之前**多就是抽离水分的干燥处理而已，在包装过程中往往还有许多活菌处于活跃状态，它们在包装后的贮存期间必须进行自我休眠，但在这个过程中，活菌会死掉不少。这也是市面上活菌制剂的质量良莠不齐的主要原因之一。
而生物菌肥里的活菌往往在包装之后不能自动休眠，而始终处于活跃状态。一旦贮藏的时间过长，这些活菌基本上都死了，只剩下普通肥料的肥效。 质量生物菌肥零售价格土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质。
生物有机肥料NY884-2012类产品主要技术指标是：有效活菌数(cfu)≥0.2亿/克；有机质（以干基计）≥40%；水分≤30%。
生物有机肥的保质期为6个月；对杂菌率没有要求。
综上所述，从官方发布的标准里，我们看到《农用微生物菌剂GB20287-2006》是没有有机质、氮磷钾的要求。但是菌含量、杂菌率等质量要求，是比执行《生物有机肥NY884-2012》类的要求高得多，如果是用普通生物有机肥料NY884-2012来冒充生物菌肥GB20287-2006标准，你可以举报它了。
如果你买的产品是“生物有机肥”，而执行“农用微生物菌剂”的国家标准，等于是该产品的技术参数提高了10倍；同时，它的原料必须经过高温灭菌才能保证杂菌率达标（一般的有机质中杂菌含量都超标）。这些都大幅度增加它的成本，好多厂家并没有按要求来做，所以提醒各位老乡，价格和价值往往是成正比的，千万不要贪小便宜，吃大亏，用生物菌肥的钱买了普通的生物有机肥料。
适量施用
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。 土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。
有机肥与生物菌肥的区别
①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。
②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。
③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。 建议大家在使用生物菌肥的时候要沟施、穴施，这样才能充分保证菌肥的活性。葡萄生物菌肥阶格
全国目前大约有2亿亩耕地在利用上都存在食品安全、生态安全问题。.四川口碑好生物菌肥阶格
通过上表我们看到，有机物料腐熟剂同为执行《农用微生物菌剂GB20287-2006》的生物菌类产品，此类产品容易与农用微生物菌（肥）剂类产品混淆，注意要分清。此类产品的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)含量为亿个/g或mL，粉剂和颗粒都要求≥0.5亿个/g，而液体要求≥1.0个/mL）；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活），U/g（mL）≥30U，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活），U/g（mL）≥15U。农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月。四川口碑好生物菌肥阶格
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