生物菌肥主要作用：
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物菌肥使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮细菌的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物抗病(虫)能力：生物菌肥中的微生物在土壤中能分泌***、杀虫剂及植物生长***。***及杀虫剂能杀灭植物病害及害虫的虫卵，植物生长***促进叶绿素含量升高，提高植物光合作用的能力。
5、增强植物的抗逆能力：有些生物菌肥施用后，在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长过程的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。
6、提高作物品质：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。
国家标准规定，“农用微生物菌剂产品、液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。郑州便宜生物菌肥
目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，**利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。但生长停滞不**菌的死亡，当温度正常恢复且土壤湿度在50%左右时，菌将恢复生长及繁殖功能。如果在高温地区施用菌肥，建议企业通过分离筛选出更耐高温的菌种，添加到菌肥中确保菌肥效果。
此外，强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让菌悬浮到水中一部分，被冲掉，从而影响菌肥效果。 西安**生物菌肥除了适合的土壤温度和湿度外，土壤中的有机质含量和氮含量也会影响菌肥效果。
有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用。混用后，高浓度的化学物质就会杀***肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。殊不知菌肥中养分含量很少，单独使用很难满足作物生长需求。
菌肥可与化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与生物有机肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生。
那么，所有化学肥料都可以与菌肥一起混施吗？不是的！
首先，微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性降低并造成部分菌死亡。
还有，与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物0害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
***，注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如***钾等以及稻草灰混合用
通过上表我们看到，有机物料腐熟剂同为执行《农用微生物菌剂GB20287-2006》的生物菌类产品，此类产品容易与农用微生物菌（肥）剂类产品混淆，注意要分清。此类产品的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)含量为亿个/g或mL，粉剂和颗粒都要求≥0.5亿个/g，而液体要求≥1.0个/mL）；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活），U/g（mL）≥30U，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活），U/g（mL）≥15U。农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月。微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起。
我们在使用这类生物菌之前，必须要先将其放在水分充足的环境中静置30~60分钟。不管是喷施用的还是土埋用的，使用之前都必须经过这样的处理。
其次，***后的孢子，其寿命只有一个月左右的时间。有果农说，它不是可以繁殖的吗？非也，只有未经过改良的活菌才能繁殖，而经过改造的孢子是不具备这个功能的，哪怕是孵化之后的孢子也没有。也就是说，我们用这种生物菌的时候，本来有多少孢子，用到田里时**多也就只有这么多活菌，往后活菌只会越来越少，不会增多。
那么包装袋上显示的是“XX亿活菌”字样的生物菌呢？毋庸置疑，它是完全具备增殖能力的。这么说来，岂不是我们把这类生物菌施下去以后，它就可以持续繁殖下去发挥作用了？小心别被厂家的宣传蒙骗了！活菌具有增殖能力不假，但他们没有告诉你的是，它还会退化。 每种有机菌肥有它的属性和作用。球状芽孢杆菌是细菌杀虫菌、EM菌抗重荏菌，乳状芽孢杆菌是长效细菌杀虫菌。四川猕猴桃生物菌肥
土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质。郑州便宜生物菌肥
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。
更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
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