1、化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
2、化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅*需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
4、危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
5、化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6、化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
7、从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。 建议大家在使用生物菌肥的时候要沟施、穴施，这样才能充分保证菌肥的活性。多功能生物菌肥
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。 工业生物菌肥排名靠前一般的生物菌持效期都是在90天左右。因为驯化后的活菌**多只能保持2~3代的现有性状繁殖，然后出现退化。
当前肥料品类繁多，从各种化肥、复合肥到各种有机肥、生物菌肥、多肽酶肥、有机无机肥等，五花八门。有老乡问生物菌肥（剂）类产品究竟是含不含有机质呢？为什么有的包装袋上标注的有有机质，有的产品同样是生物菌肥（剂）类而却没有标注有机质呢？我们应该如何掌握识别肥料真假的常识，在鱼龙混杂的肥料品类中选出质优的肥料真品呢？
首先，我们要知道农用微生物菌剂（肥）类产品，按产品形态剂型可分为液体型、粉剂型、颗粒型。
其次，我们要知道生物菌肥（剂）类产品，按内含的微生物菌种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等不同类别。
有机肥与生物菌肥的区别
①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。
②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。
③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。 有机质是微生物的主要能源（食物），有机质分解还能供应微生物养分。
生物菌肥的概念：生物菌肥内含有特定的***微生物，通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长***并***有害微生物的形成。其作用机理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的营养元素，改善植物对营养的吸收，使叶绿素含量增加，减少呼吸作用；微生物在正常的生长中释放***，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，**终使产量提高；还可以增强植物抗逆***虫害发生，降低产量损失。生物菌肥是不可多得的好肥料。首先，使用生物菌时，我们撒到地里的不叫菌肥，也不叫菌群，叫菌种。多功能生物菌肥
目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，**利于菌的生长和繁殖。多功能生物菌肥
使用生物菌肥，一是能多施尽量多施，二是要连年施用。
近几年来，生物菌肥的推广力度不断加大，在果园秋季施肥环节中，农资经销商推荐的生物菌肥加大化肥的的配方建议，也越来越得到了大家的认可。生物菌肥的主要成分是有机肥加有益菌。
这两者对改良土壤、提高树体“体质”的作用，是大化肥所不能替代的。土壤改良了，树体“体质”提高了，根腐病、黄叶病、流胶病、小叶病等长期难以**的“慢性”病害就能够得到缓解。
但是，要达到缓解“慢性”病的效果，是需要相当长时间的，不可能很快见效。曾有一位农民，果园根腐病严重，在**建议下开始使用生物菌肥。 多功能生物菌肥
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