首先，要选择正规厂家的产品。具备农业部微生物肥料登记证，包括：微生物菌剂登记证、生物有机肥登记证，或复合微生物肥料登记证；
其次，要核对执行标准。农用微生物菌剂执行的是国家标准，为GB20287-2006，生物有机肥和复合微生物肥执行的是行业标准，分别为NY884---2012和NY/T798-2015；
再次，要查看包装袋上菌数的标注。菌剂中的有效活菌数液体含量要≥2亿/克颗粒的要≥1亿/克，生物有机肥和复合微生物肥中的有效活菌数含量要≥2000万/克。
在满足以上3个条件的情况下，用户可以根据所需要的功能选择含有特定功能菌种的微生物菌肥。
菌肥的质量要看其所含“有效活菌”的数量，活菌越多效果约好，特别说明要是活菌！ 当前肥料品类繁多，从各种化肥、复合肥到各种有机肥、生物菌肥、多肽酶肥、有机无机肥等，五花八门。桂林中药材生物菌肥介绍
另外，相对于孢子来说，活菌的门槛是比较低的，它的生产工艺要求也没有那么高。因为孢子的休眠状态是在包装之前就发生了的，这一工艺在国内还存在着非常大的技术壁垒，目前并没有多少厂家能真正在包装之前使活菌进入休眠状态。
所以大部分生物菌的活菌在包装之前**多就是抽离水分的干燥处理而已，在包装过程中往往还有许多活菌处于活跃状态，它们在包装后的贮存期间必须进行自我休眠，但在这个过程中，活菌会死掉不少。这也是市面上活菌制剂的质量良莠不齐的主要原因之一。
而生物菌肥里的活菌往往在包装之后不能自动休眠，而始终处于活跃状态。一旦贮藏的时间过长，这些活菌基本上都死了，只剩下普通肥料的肥效。 济南低价生物菌肥菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
我们要知道生物菌肥（剂）类产品，按内含的微生物菌种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等不同类别。微生物菌肥（剂）类产品对应的执行对应的标准是《农用微生物菌剂GB20287-2006》，包括农用微生物菌(肥）剂和有机物料腐熟剂两大类产品。请各位仔细看一下内容：
此表为农用微生物菌剂（肥）类产品执行的技术指标
通过上表我们看到：
***、农用微生物菌（肥）剂的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿个/g或mL，液体型和粉剂型的农用微生物菌（肥）剂要求有效活菌数≥2.0亿个/g或mL而颗粒≥1.0亿个/g；其中复合菌剂，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿个/g或mL；
第二、以单一的胶质芽胞杆菌（Bacillusmucilaginosus）制成的粉剂产品中有效活菌数不少于1.2亿/g。
第三、农用微生物菌（肥）剂有杂菌率的要求，液体≤10%，粉剂≤20%，颗粒≤30%。
第四、粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%。
第五、细度、PH值、保质期都有明确要求。
误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥
农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。
菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
误区3：认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好
复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。
此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。 土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。
微生物菌肥的神奇效果引起了各个层面的高度关注。目前，微生物肥料的应用范围基本涵盖了粮食、蔬菜、果树、中草药、***等各种类型的作物。
农业部全国农技中心技术促进处处长马常宝2016年在《中国微生物肥料产业发展状況》报告中指出，目前中国微生物肥料应用主要集中在三大区域：
一是南方水稻种植区域，2013年应用面积达到4700万亩，用量超过10万吨。
二是大中城市周边区域，该区域多为蔬菜、水果等经济价值较高的种植区域，应用微生物肥料可提高农产品品质，减少土传病害的发生，增加农产品的经济价值。
三是珠三角、长三角的污染耕地区域，正在探索应用微生物肥料***重金属、降低农药用量，保护生态环境的技术方法和措施。 微生物被残留的除草剂物质杀害，土壤中没有足够微生物使菌肥发酵繁衍而形成有效的菌群，阻碍了肥效的发挥。陕西工业生物菌肥
一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在PH7-8土壤中生存。桂林中药材生物菌肥介绍
“菌肥”的6个认知误区：
误区1：靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥
肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这是与化学肥料和植物调节剂的比较大区别，也就出现了微生物肥料***性不如后两者的现象。
见效慢并不意味着品种是无效果的，能在较短时间内看到作物长势明显改善的品种未必是好品种，其中也不乏一些添加了植物调节剂的品种。
误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥
农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。
菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。 桂林中药材生物菌肥介绍
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