施用有机菌肥的关键要不断培养土壤中的微生物。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，***营养元素。实行果园生草制。草长到15厘米不到20厘米时割刈，一年反复进行覆盖地面，两年全园普翻一次以利提高果园腐殖质的含量。施发酵好的牛、猪、羊、兔等家畜禽粪。为有机菌肥中菌种的发酵繁殖提供充足的基质。为果树在生长中提供中、微量元素，减少小叶、黄叶等生理病害的发生。微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。复合微生物肥料：目的为生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。内蒙古正规生物菌肥品质保障
与化肥混施。有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用。混用后，高浓度的化学物质就会杀灭菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。殊不知菌肥中养分含量很少，单独使用很难满足作物生长需求。菌肥可与化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与生物有机肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生。要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。云南中药材生物菌肥利用微生物直接作为农药.
施用数量因为生物菌不能替代复合肥,所以应与复合肥混和施用,但要注意化肥量不能过多,因为高浓度化学物质对菌肥里面的微生物有毒害作用,一般每亩施用25kg三元复合肥,40kg生物菌肥为宜。施用环境生物菌肥在施用的过程中不能有杀菌环境。要注意不能和杀菌剂混合使用,否则会把活性菌杀死,丧失菌肥的作用,在温室大棚施用时要注意不要有紫外线灯,因为紫外线会杀死生物活性菌。施用湿度土壤湿度影响生物菌肥施用效果。由于生物菌大部分是好氧菌,在土壤见干见湿时生命力才活跃。施用生物菌肥后一定要合理灌水,选择晴天上午浇小水,这样不仅能提高地温,还能放风排湿。注意浇水后进行划锄,增加土壤通透性,增强生物菌肥效果。
施用温度：要合理施用菌肥的比较好温度是22℃－35℃，低于5℃，高于40℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。在对温室大棚里的土壤或蔬菜育苗用营养土消毒后，至少要经过10-15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再实行土壤消毒。不应同时使用菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂。一般先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。施用地块：生物菌肥的使用效果和土壤的情况有关。土壤太旱或太湿都不利于生物菌肥效力的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右。要适宜对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫元素能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。对于生物有机肥，采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。生物菌肥如果在水田使用，比较好于清晨或傍晚采用喷施的方法国家标准规定，“农用微生物菌剂产品、液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。
地温会在一天当中随着气温变化而变化。但是对于覆膜或是大棚种植来说，温室中随着土壤深度的增加，地温的变化幅度会逐渐减小。比如20cm以上的土层地温会受气温较大的影响，但是对20cm以下就不明显了，甚至会出现一定推迟，比如在太阳落山气温降低后，土层20cm以下的地温仍然保持较高的温度。天气虽然影响气温的变化，但是对地温来说，尤其是温室，地面深度越深，受气温影响也就越小。也就是说，即使气温是几度、十几度，但是地温可能保持在十几度、二十度，仍然在生物菌的活性范围内。含固氮菌的菌肥还可以固定空气中的氮素，直接提供植物养分，各种菌肥能固定的氮素数量十分有限。河南湿地生物菌肥技术指导
分解土壤中有机质，可减少氮素的流失，解钾溶磷提高肥料利用率，降低生产投入，减少资源浪费。内蒙古正规生物菌肥品质保障
留心观察的果农朋友会发现在生物菌肥或者生物菌剂的外包装袋上，都有标有“XX亿活菌”或者“XX亿孢子”的字样。虽然说活菌跟孢子都是活的，但是这里面大有文章！首先，与真正意义上的活菌不同，孢子其实只是菌类的“种子”。它在干燥的包装袋里时，是处于休眠状态的。如果我们把它倒出来以后随便往田里一撒，那么它是***发挥不了作用的，这跟浪费钱没什么区别。一般来说，只有吸收了足够多的水分以及处于适宜的温度环境下，孢子才能打破休眠，重新***，使菌丝萌发出来，从而发生作用。内蒙古正规生物菌肥品质保障
