与化肥混用，化肥用量过大高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。没有因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到***、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。没有因时制宜生物菌肥不是***肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果比较好。土壤功能退化及污染加剧，作物生长不良、病害加重、品质下降及产量降低甚至绝收等问题日益严重。上海功能性生物菌肥技术指导
地温会在一天当中随着气温变化而变化。但是对于覆膜或是大棚种植来说，温室中随着土壤深度的增加，地温的变化幅度会逐渐减小。比如20cm以上的土层地温会受气温较大的影响，但是对20cm以下就不明显了，甚至会出现一定推迟，比如在太阳落山气温降低后，土层20cm以下的地温仍然保持较高的温度。天气虽然影响气温的变化，但是对地温来说，尤其是温室，地面深度越深，受气温影响也就越小。也就是说，即使气温是几度、十几度，但是地温可能保持在十几度、二十度，仍然在生物菌的活性范围内。重庆原产地生物菌肥制造商利用微生物直接作为农药.
微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌固然是成本的首要因素，否则就不是菌肥了。但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。定义不同，意义就不同，随意抓片树叶就含菌几万，不能说这含菌的树叶就值多少钱。各种定义的菌差异很大，确切的概念应该是有效功能菌；不同的菌种，功能、效果不同，成本也会有很大差异。千万不要被标示的5亿，10亿，甚至15亿的菌含量所蒙蔽，国家标准：微生物菌剂产品颗粒的是≥1亿，液体是≥2亿。生物有机肥是≥0.2亿，是国家相关经过多年的理论和实践制定的。看到动辄标示的10亿、15亿菌含量的微生物菌肥一定要注意。
通过上表我们看到，有机物料腐熟剂同为执行《农用微生物菌剂GB20287-2006》的生物菌类产品，此类产品容易与农用微生物菌（肥）剂类产品混淆，注意要分清。此类产品的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)含量为亿个/g或mL，粉剂和颗粒都要求≥0.5亿个/g，而液体要求≥1.0个/mL）；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活），U/g（mL）≥30U，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活），U/g（mL）≥15U。农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月。于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果***。
靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这是与化学肥料和植物调节剂的比较大区别，也就出现了微生物肥料***性不如后两者的现象。见效慢并不意味着品种是无效果的，能在较短时间内看到作物长势明显改善的品种未必是好品种，其中也不乏一些添加了植物调节剂的品种。使用生物菌肥一定要投入有机肥。如果没有有机肥纯使用生物菌效果也不好，生物菌需要一定的，有机质进行分解，进行繁殖，生物菌有粮食，它吃饭才进行繁殖，多施点有机肥才能繁殖，长得比较好。误区：靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥。江西本地生物菌肥售后保障
在蔬菜栽培钟，有机质**主要的来源是有机肥，微生物菌剂与有机肥是一对好搭档。上海功能性生物菌肥技术指导
为了获得更高的产量，人类在农田里连续和大量使用了化肥和农药。农田土壤中的有机质匮乏，微生物种类和数量大幅度减少了，其中也包括一些能够压制土传病害的有益微生物，如放线菌、木霉菌、芽胞杆菌等。另一方面，许多危害植物的病菌在病残体中更容易越冬。如果土壤中缺少腐生细菌，植株秸秆不能很快腐烂，病菌也就有了更多的存活机会。也正因为以上原因，近来枯萎病、纹枯病、根腐病、立枯病等日益猖獗。解决土传性的病害的两种策略1继续加强化学或物理的杀灭措施尽可能给作物创造一种无菌的条件。这是比较难的，因为土壤的结构和理化特性比较复杂，有许多因素影响灭菌效果；即便暂时能够做到，但一旦有新的病菌进入，由于缺乏自然压制能力，就会迅速成灾。2增加农田土壤微生物种类和数量创造一个合理、平衡、稳定的微生物区系并依靠他们之间的竞争、占位、重寄生等关系，压制病菌的滋长。实践证明这是持续防治病害的合理策略。压制土传病害一方面需要不断增加土壤有机质，包括农家肥（厩肥、堆肥）、工厂化生产的有机肥、秸秆还田和种植草苜蓿等绿肥作物。有机质不仅蕴涵丰富的营养物质，使土壤形成团粒结构，还是培养各种微生物的基质。上海功能性生物菌肥技术指导
