生物菌肥的作用：一个是促进土壤中团粒结构的形成，土壤团粒结构好了，理化性状就好，再一个土壤疏松，消除板结，还能增强土壤的透气性，提高保水保肥能力，生物菌肥有很多，把它叫成松土精，顾名思义，它能活化土壤，也有叫免深耕的，也有叫透气肥的，也有叫土壤调理剂的，从表面上看，生物菌肥对土壤是非常好的，有一定改良土壤的作用，第二个是分解有机肥比较好，生物菌肥在活动期间，需要有机物进行分解来繁殖，所以说充分腐熟土壤中的肥料，来减少死棵烂苗现象的发生，一般死棵烂苗都是烧根了，烧苗了这样发生的。生物菌肥以粉末或液体形式提供，易于施用于不同作物和土壤类型，操作简便，适用性较广。海南本地生物菌肥技术指导
生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感。存放或使用时尽量避免强光直接照射，因此生产上一般不采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。喷雾时只要在植物的叶片背面均匀喷布即可。混合使用：生物菌肥可以单独施用，但是不能完全代替化肥或有机肥，事实是与后两者混合使用的效果要好于它们的单独使用。要谨慎不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混合施用。施用时期：要注重生物菌肥不是***肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前一周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，微生物菌剂的施用量不能过大。因为生物菌肥施入土壤后有一个菌群繁殖、壮大的过程。因此，要先于作物需肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以长期、均匀、持续地供给作物养分。海南本地生物菌肥技术指导这些菌种能够与作物根系共生，形成良好的生态环境，提供多种有益物质和生长因子，促进作物的生长和发育。
采集原始菌群比较好在当地林木茂密的山上选点，树木越多，生长年头越长，其林下积累的枯枝落叶就越多，这些枯枝落叶在各种生物菌的作用下形成厚厚的一层落叶土，这种落叶土就富含各种土著菌。采集时间比较好在早春进行，早春的温度较低，有利于发酵用酵母菌的繁殖，而不利于细菌、放线菌等的繁殖。米饭是微生物的喜欢，用电饭煲蒸一锅米饭；等米饭凉后松散开，并埋入林下的落叶土中；大概10天左右米饭中就会出现大量白色的菌丝(温度高时时间会短些)；这样米饭团就变成了富含各种土著菌，特别是酵母菌的原始菌群了(图1)。其实在林下收集有白色菌丝的树皮、落叶也可用来直接制作菌剂。方便的地方直接用落叶土(10%的比例)和堆肥原料一起堆肥也可以。a.将米饭埋入落叶土中。b.取出富集原始菌的饭团。c.收集到的原始菌群。d.将原始菌群和麦麸一起发酵。e.及时翻倒。f.将阴干的菌肥装袋放置：
误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。误区3：认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
生物菌肥根据其作用不同，又可分为5类：有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况。海南本地生物菌肥技术指导
土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。海南本地生物菌肥技术指导
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。海南本地生物菌肥技术指导
