与化肥混用，化肥用量过大高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。没有因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到***、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。没有因时制宜生物菌肥不是***肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果比较好。生物菌肥中的菌种具有一定的抗逆性，能够提高作物的抗病虫害能力，减少农药的使用，降低农产品的残留物。广西经济型生物菌肥技术指导
施用数量因为生物菌不能替代复合肥,所以应与复合肥混和施用,但要注意化肥量不能过多,因为高浓度化学物质对菌肥里面的微生物有毒害作用,一般每亩施用25kg三元复合肥,40kg生物菌肥为宜。施用环境生物菌肥在施用的过程中不能有杀菌环境。要注意不能和杀菌剂混合使用,否则会把活性菌杀死,丧失菌肥的作用,在温室大棚施用时要注意不要有紫外线灯,因为紫外线会杀死生物活性菌。施用湿度土壤湿度影响生物菌肥施用效果。由于生物菌大部分是好氧菌,在土壤见干见湿时生命力才活跃。施用生物菌肥后一定要合理灌水,选择晴天上午浇小水,这样不仅能提高地温,还能放风排湿。注意浇水后进行划锄,增加土壤通透性,增强生物菌肥效果。广西生物菌肥因此，在植物根际施用微生物肥料，就可以增加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。
微生物的秘密：有人问：凭什么把微生物肥料说的那么好？到底好在那了？答：“你可知道沙漠和良田的区别在哪里吗？”它的主要区别是良田里有有机质和微生物。我们常说，没有有机质，就没有肥沃的土壤。有机质对农作物是极其重要的，是农作物的重要营养来源。而土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质，是丰富的植物营养来源。同时，微生物与根系、根际土壤一起组成了农作物的‘肠胃’，很多有益微生物与根系形成互补共生关系，在农作物各种营养的转化和吸收过程中，发挥主要作用，矿物质元素多数依靠微生物的活动变为农作物可吸收的状态。而且有益微生物是农作物的卫士，协助抵抗病虫侵害。”
由于微生物菌肥中含有大量的有益菌，菌肥施入土壤后，有益微生物迅速在土壤中以几何级数繁衍扩散，以及功能微生物的代谢产物，固氮解磷解钾，能改善土壤的理化性状，土壤板结，维持营养平衡，减少养分流失，金宝贝菌肥中还含有腐殖酸、有机质和多种微量元素，可刺激作物玉米生长发育，增强玉米抗病抗旱抗寒能力，还具增强抗逆，抗倒伏等作用，同时对农药残留毒性分解也有一定作用，还可提高化肥利用率，明显降低成本，菌肥可替代30%左右的化肥，每亩地直接节省500～800元，每亩可增产200斤以上。可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况。
采集原始菌群比较好在当地林木茂密的山上选点，树木越多，生长年头越长，其林下积累的枯枝落叶就越多，这些枯枝落叶在各种生物菌的作用下形成厚厚的一层落叶土，这种落叶土就富含各种土著菌。采集时间比较好在早春进行，早春的温度较低，有利于发酵用酵母菌的繁殖，而不利于细菌、放线菌等的繁殖。米饭是微生物的喜欢，用电饭煲蒸一锅米饭；等米饭凉后松散开，并埋入林下的落叶土中；大概10天左右米饭中就会出现大量白色的菌丝(温度高时时间会短些)；这样米饭团就变成了富含各种土著菌，特别是酵母菌的原始菌群了(图1)。其实在林下收集有白色菌丝的树皮、落叶也可用来直接制作菌剂。方便的地方直接用落叶土(10%的比例)和堆肥原料一起堆肥也可以。a.将米饭埋入落叶土中。b.取出富集原始菌的饭团。c.收集到的原始菌群。d.将原始菌群和麦麸一起发酵。e.及时翻倒。f.将阴干的菌肥装袋放置：成都盖尔盖司生物科技有限公司的生物菌肥是一种创新的农业生物技术产品。宁夏原产地生物菌肥技术指导
采用人为方式向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。广西经济型生物菌肥技术指导
施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄；如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土，注意与化肥隔开使用。在水田或旱田也可以均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下暴晒。3、口肥：在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或掩播作物做种肥使用，刨掩后将拌有细土的生物菌肥施于掩中，再点种。4、拌种：先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿润，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下暴晒，也不要放置时间过长。广西经济型生物菌肥技术指导
