微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌固然是成本的首要因素，否则就不是菌肥了。但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。定义不同，意义就不同，随意抓片树叶就含菌几万，不能说这含菌的树叶就值多少钱。各种定义的菌差异很大，确切的概念应该是有效功能菌；不同的菌种，功能、效果不同，成本也会有很大差异。千万不要被标示的5亿，10亿，甚至15亿的菌含量所蒙蔽，国家标准：微生物菌剂产品颗粒的是≥1亿，液体是≥2亿。生物有机肥是≥0.2亿，是国家相关**经过多年的理论和实践制定的。看到动辄标示的10亿、15亿菌含量的微生物菌肥一定要注意。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在PH7-8土壤中生存。四川多功能生物菌肥技术指导
采集原始菌群比较好在当地林木茂密的山上选点，树木越多，生长年头越长，其林下积累的枯枝落叶就越多，这些枯枝落叶在各种生物菌的作用下形成厚厚的一层落叶土，这种落叶土就富含各种土著菌。采集时间比较好在早春进行，早春的温度较低，有利于发酵用酵母菌的繁殖，而不利于细菌、放线菌等的繁殖。米饭是微生物的喜欢，用电饭煲蒸一锅米饭；等米饭凉后松散开，并埋入林下的落叶土中；大概10天左右米饭中就会出现大量白色的菌丝(温度高时时间会短些)；这样米饭团就变成了富含各种土著菌，特别是酵母菌的原始菌群了(图1)。其实在林下收集有白色菌丝的树皮、落叶也可用来直接制作菌剂。方便的地方直接用落叶土(10%的比例)和堆肥原料一起堆肥也可以。a.将米饭埋入落叶土中。b.取出富集原始菌的饭团。c.收集到的原始菌群。d.将原始菌群和麦麸一起发酵。e.及时翻倒。f.将阴干的菌肥装袋放置：四川多功能生物菌肥技术指导土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质。
促进快速生长：能产生刺激作物生长的生物***。菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞***类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。调节生命活动，增产增收：菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果明显。与施用化肥相比，在等价投入的情况下可增产15%~30%。
凡是粉剂的生物菌肥都是真的，凡是颗粒的生物菌肥都是假的。为什么这么说呢？他们这样向农民解释：肥料造粒过程中会经过高温，高温会将微生物杀死。这样的理由很具有迷惑性，令不明就里的农民信以为真，给经销颗粒生物菌肥的厂家造成不良影响。可以说，这样的观点纯粹是不负责任的错误观点。因为这样讲的人，他们的产品是粉状的，误导老百姓的目的就是中伤他人，损人利己。有机肥存在粉剂和颗粒之分，生产颗粒有机肥有的也的确要经过高温，但是请注意：高温生产颗粒生物有机肥的工艺，并不是把菌种添加放在高温环节之前，而是放在高温环节之后。也就是在经过高温成粒之后，再将微生物菌剂喷在颗粒表面，这样做就保证了颗粒生物菌肥既成粒，又保持了菌种的存活率。另外，颗粒菌肥有的生产工艺并不需要经过高温，比如圆盘造粒、挤压造粒等。这些物理造粒工艺，是将微生物菌直接添加在粉状有机物中，成粒后并没有破坏微生物菌的活性。造粒后再加菌、加菌后不经过高温进行物理造粒，都是完全可行的、成熟的工艺，不存在颗粒状微生物菌剂是假的，粉状微生物菌剂是真的这样的说法。一种看法认为它肥效很高，把它当成肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；
与化肥混施。有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用。混用后，高浓度的化学物质就会杀灭菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。殊不知菌肥中养分含量很少，单独使用很难满足作物生长需求。菌肥可与化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与生物有机肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生。要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果。西藏功能性生物菌肥制造商
除了适合的土壤温度和湿度外，土壤中的有机质含量和氮含量也会影响菌肥效果。四川多功能生物菌肥技术指导
与化肥混用，化肥用量过大高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。没有因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到***、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。没有因时制宜生物菌肥不是***肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果比较好。四川多功能生物菌肥技术指导
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